Câu hỏi cần phải cụ thể. Các câu hỏi cụ thể thường được đề cập đến trong các tài liệu y học. Một câu hỏi được thiết kế tốt chỉ rõ quần thể, can thiệp (xét nghiệm chẩn đoán, điều trị), so sánh (điều trị A vs điều trị B) và kết cục. “Cách tốt nhất để đánh giá người bị đau bụng là gì?” không phải là một câu hỏi quá hữu ích để theo đuổi trong y văn. Một câu hỏi cụ thể hơn và cụ thể hơn có thể là ” CT hay siêu âm tốt hơn để chẩn đoán viêm ruột thừa ở nam giới 30 tuổi bị đau bụng cấp?”

Tuyển chọn các nghiên cứu liên quan từ việc rà soát lại tài liệu. Các nguồn thông tin tiêu chuẩn được tham khảo (ví dụ: MEDLINE hoặc PubMed để tham khảo chính, Cochrane Collaboration [các lựa chọn điều trị thường cho các câu hỏi cụ thể], ACP Journal Club).

Không phải tất cả các nghiên cứu khoa học có giá trị như nhau. Các loại nghiên cứu khác nhau có sức mạnh khoa học và tính hợp pháp khác nhau, và đối với bất kỳ loại nghiên cứu nhất định nào, các ví dụ riêng lẻ thường khác nhau về chất lượng của phương pháp, giá trị bên trong, tính tổng quát của kết quả và khả năng áp dụng cho một bệnh nhân cụ thể (giá trị bên ngoài).

Mức độ bằng chứng được xếp hạng từ 1 đến 5 theo thứ tự giảm dần chất lượng. Các loại nghiên cứu ở mỗi cấp độ khác nhau đôi chút với câu hỏi lâm sàng (ví dụ: chẩn đoán, điều trị hoặc phân tích kinh tế), nhưng thường bao gồm những điều sau:

Đối với phân tích EBM, mức độ bằng chứng cao nhất hiện có được chọn. Lý tưởng nhất là có một số lượng đáng kể các nghiên cứu lớn cấp độ 1 được tiến hành tốt. Tuy nhiên, vì số lượng các thử nghiệm có chất lượng cao, ngẫu nhiên, có đối chứng cực kì nhỏ so với số lượng các câu hỏi lâm sàng có thể xảy ra, mức bằng chứng ít hơn 4 hoặc 5 thường sẵn có. Bằng chứng chất lượng thấp hơn không có nghĩa là quá trình EBM không thể được sử dụng, chỉ là lực kết luận là yếu hơn.

Bởi vì bằng chứng tốt nhất hiện có có thể đến từ các quần thể bệnh nhân có các đặc điểm khác với các đặc điểm của bệnh nhân được đề cập, nên cần có sự đánh giá đáng kể khi áp dụng kết quả từ một thử nghiệm ngẫu nhiên cho một bệnh nhân cụ thể. Ngoài ra, cần phải lưu tâm đến những mong muốn của bệnh nhân về các xét nghiệm và điều trị xâm lấn hoặc không xâm lấn, và điều trị cũng cần chú ý đến khả năng dung nạp của bệnh nhân đối với các tác dụng phụ gây khó chịu, các nguy cơ tai biến có thể xảy ra.

Ví dụ, mặc dù đánh giá EBM có thể cho thấy một lợi ích rõ ràng tăng thêm thời gian sống 3 tháng của một phác đồ hóa chất tích cực trong một dạng bệnh ung thư nhất định, nhưng mỗi bệnh nhân có thể có sự lựa chọn khác nhau tùy thuộc vào việc người bệnh muốn kéo dài thời gian sống hay muốn giảm bớt đau đớn. Chi phí xét nghiệm và điều trị cũng có thể ảnh hưởng đến quyết định của bác sĩ và bệnh nhân, đặc biệt khi một số lựa chọn thay thế có chi phí cao hơn đáng kế cho bệnh nhân. Hai mối quan tâm chung là bệnh nhân tự nguyện tham gia thử nghiệm lâm sàng không giống như bệnh nhân nói chung và chăm sóc trong môi trường thử nghiệm lâm sàng không giống với chăm sóc chung trong cộng đồng y tế.

Mỗi ngày, một bác sĩ có thể đối diện với hàng chục câu hỏi lâm sàng dưới áp lực thực hành bận rộn. Mặc dù một trong số đó có thể là đối tượng của một khảo sát EBM sẵn có, nhưng hầu hết thì không, và việc chuẩn bị một phân tích EBM chính thức là quá tốn thời gian, trong khi câu hỏi lâm sàng đòi hỏi cần được giải quyết tức thì. Ngay cả khi không cần cân nhắc đến vấn đề thời gian, nhiều câu hỏi lâm sàng không có bất kì mối liên quan nào với các nghiên cứu sẵn có.

Các hướng dẫn lâm sàng đã trở nên phổ biến rộng rãi trong lĩnh vực y học; nhiều hiệp hội chuyên biệt đã công bố các hướng dẫn như vậy. Hầu hết các hướng dẫn lâm sàng được hình thành tốt được phát triển bằng cách sử dụng một phương pháp cụ thể kết hợp các nguyên tắc của EBM và các khuyến nghị về quy trình đồng thuận hoặc Delphi do một hội đồng chuyên gia đưa ra. Mặc dù các hướng dẫn lâm sàng có thể mô tả thực hành lý tưởng hóa, nhưng chỉ riêng các hướng dẫn lâm sàng không thể thiết lập tiêu chuẩn chăm sóc cho từng bệnh nhân.